मॉडल सेट करना
Groups के बीच वास्तविक तुलना चलाने से पहले, आपको DiffBind को बताना होगा कि samples इन groups में कैसे बाँटे गए हैं. यह बताने का सबसे आसान तरीका है उन predefined categories में से किसी एक का उपयोग करना जिन्हें DiffBind samples के साथ जोड़ता है. इनमें प्रायः इस्तेमाल होने वाले groupings शामिल होते हैं, जैसे हर sample से जुड़ी condition या tissue. आप categories argument में DBA_CONDITION और DBA_TISSUE जैसी constants देकर बता सकते हैं कि आप किस category का उपयोग करना चाहते हैं. dba.contrast() की help page पर उपलब्ध constants की पूरी सूची दी हुई है.
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq
अभ्यास निर्देश
ar_bindingobject को जाँचिए.- Primary Tumor (primary) और Treatment Resistant (TURP) conditions से मेल खाने वाली category की पहचान कीजिए.
- इन दोनों tumor types की तुलना करने के लिए contrast स्थापित कीजिए.
- यह पुष्टि करने के लिए
dba_peaksobject जाँचिए कि contrast जोड़ दिया गया है.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Examine the ar_binding object
print(___)
# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____
# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)
# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)