BED फ़ाइलें पढ़ना
इस अभ्यास में, आप BED फ़ाइल से पीक कॉल्स लोड करेंगे और पीक लोकेशनों की जानकारी का उपयोग करके BAM फ़ाइल से वे रीड्स निकालेंगे जो पीक्स से ओवरलैप करते हैं।
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq
अभ्यास निर्देश
- chr20_peaks से पीक कॉल्स लोड करने के लिए
import.bedफंक्शन का उपयोग करें. - इन पीक कॉल्स का उपयोग करके chr20_bam के लिए एक
BamViewsऑब्जेक्ट बनाएँ. - पीक कॉल्स से ओवरलैप करने वाली रीड्स लोड करें.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Load peak calls from chr20_peaks
peaks <- ___(chr20_peaks)
# Create a BamViews object
bam_views <- ___(___, bamRanges=peaks)
# Load the reads
reads <- ___(___)