Peaks बनाम background
अब पीक्स, blacklisted regions, और background की coverage distribution की तुलना करने का समय है। इस अभ्यास में, आप chromosome 5 के डेटा को देखेंगे.
इस chromosome के लिए पीक्स, blacklisted regions, और background के binned read counts क्रमशः peak_bins, bl_bins, और bkg_bins के रूप में उपलब्ध हैं। score कॉलम में read counts हैं.
इस अभ्यास के लिए सभी जरूरी डेटा और R पैकेज लोड होने में थोड़ा समय लग सकता है। कृपया धैर्य रखें.
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq
अभ्यास निर्देश
- plotting के लिए read counts तैयार करें, उन्हें data frames में व्यवस्थित करके.
rbind()का उपयोग करके तीनों data frames को combine करें.- bin type के अनुसार read counts का boxplot बनाइए.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Prepare read counts for plotting by organising them in data frames
peak_scores <- data.frame(source="peaks", fragments=___$score)
bl_scores <- data.frame(source="blacklist", fragments=___)
bkg_scores <- data.frame(source="background", fragments=___)
scores <- rbind(___, ___, ___)
# Create a boxplot of the read counts by bin type
ggplot(___, aes(y=fragments, x=source)) + geom_boxplot()