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किसी क्षेत्र का विस्तृत प्लॉट

अब Gviz के साथ किसी जीनोमिक क्षेत्र का प्लॉट आप बनाएँगे। इस अभ्यास के सभी डेटा एक ही सैंपल के क्रोमोसोम 20 से हैं। क्रोमोसोम 20 का एक आइडियोग्राम आपके लिए बना दिया गया है और ideogram के रूप में उपलब्ध है। मैप्ड रीड्स को पहले ही कवरेज डेटा में बदला जा चुका है। यह जानकारी cover_ranges नाम के GRanges ऑब्जेक्ट में उपलब्ध है। जिस क्षेत्र का आप प्लॉट बनाएँगे, उसके पीक कॉल्स peak_calls ऑब्जेक्ट में संग्रहीत हैं।

इस अभ्यास के लिए सभी आवश्यक डेटा और R पैकेज लोड होने में थोड़ा समय लग सकता है। कृपया धैर्य रखें.

यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है

R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

पाठ्यक्रम देखें

अभ्यास निर्देश

  • पीक कॉल्स के लिए एनोटेशन ट्रैक्स बनाएँ।
  • रीड कवरेज के लिए एक डेटा ट्रैक बनाएँ।
  • प्लॉट दिखाएँ, जिसमें ऊपर से नीचे क्रम में आइडियोग्राम, कवरेज ट्रैक, पीक कॉल्स का ट्रैक, और जीनोमिक पोज़िशन दिखाने वाला अक्ष (axis) हो.

इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास

इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।

# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")

# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
                         fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")

# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)
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