Peaks को समेकित करना
Peak calls को annotate करने से पहले, यह देखना उपयोगी होगा कि आप सभी samples की calls को मिलाकर एक merged peak set कैसे प्राप्त कर सकते हैं. इस उद्देश्य के लिए पैकेज ChIPpeakAnno findOverlapsOfPeaks() फंक्शन प्रदान करता है. यह अधिकतम पाँच samples से आने वाले, GenomicRanges के रूप में प्रदर्शित peak sets को merge करने की अनुमति देता है.
इस फंक्शन का उपयोग करने से पहले, आपको पहले बनाए गए ChIPQCexperiment ऑब्जेक्ट से peak calls की जानकारी निकालनी होगी. आप peaks() फंक्शन के जरिए peak locations प्राप्त कर सकते हैं. ध्यान दें कि यह फंक्शन सभी samples के peak calls लौटाएगा. इसमें वे भी शामिल हैं जो QC पास नहीं कर पाए. QC चरण के दौरान आगे के विश्लेषण के लिए चुने गए samples के इंडेक्स वाली एक vector qc_pass के रूप में उपलब्ध है.
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq
अभ्यास निर्देश
- ChIPQCexperiment ऑब्जेक्ट से peaks निकालें.
- जो samples QC में असफल रहे, उन्हें हटा दें.
findOverlapsOfPeaks()फंक्शन का उपयोग करके peak sets के बीच overlaps खोजें.mergedPeaksएंट्री के रूप में उपलब्ध merged peak set की जाँच करें.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Extract peaks from ChIPQCexperiment object
peak_calls <- ___(ar_calls)
# Only keep samples that passed QC
peak_passed <- ___[qc_pass]
# Find overlaps between peak sets
peaks_combined <- ___(peak_passed[[1]], peak_passed[[2]], peak_passed[[3]], peak_passed[[4]], maxgap=50)
# Examine merged peak set
print(___)