Peaks का एनोटेशन
पिछले अभ्यासों में, आपने सभी सैंपल्स से मर्ज किए गए पीक कॉल्स की एक टेबल बनाई थी (यहाँ peaks_merged के रूप में उपलब्ध) और जीन एनोटेशन वाली एक टेबल बनाई थी (यहाँ human_genes के रूप में उपलब्ध). अब दोनों टेबल्स की जानकारी को ChIPpeakAnno पैकेज के annoPeaks() फंक्शन से जोड़ने का समय है. हर उस पीक के लिए जो किसी जीन के स्टार्ट साइट के पर्याप्त क़रीब है (जैसा कि bindingRegion आर्ग्युमेंट से तय होता है), यह फंक्शन संबंधित जीन की विस्तृत जानकारी एक डेटा फ़्रेम में लौटाएगा. इसमें insideFeature नाम का एक कॉलम भी शामिल है, जो बताता है कि जीन के सापेक्ष पीक कहाँ स्थित है.
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq
अभ्यास निर्देश
- सबसे नज़दीकी जीन के साथ पीक्स को एनोटेट करें.
- उन पीक्स की संख्या निर्धारित करें जिनका जीन के साथ एनोटेशन हुआ.
- एक सारांश टेबल बनाएँ जो बताए कि जीन के सापेक्ष पीक्स कहाँ स्थित थे.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Annotate peaks with closest gene
peak_anno <- ___(peaks_merged, human_genes, bindingType="startSite", bindingRegion=c(-5000,5000))
# How many peaks were found close to genes?
length(___)
# Where are peaks located relative to genes?
table(peak_anno$___)