मॉडल फिट करना
अब आप डिफ़रेंशियल बाइंडिंग विश्लेषण चलाने के लिए तैयार हैं. इससे पता चलेगा कि किन पीक्स की तीव्रता दो ट्यूमर प्रकारों के बीच महत्वपूर्ण रूप से भिन्न है. यह जानना कि समूहों के बीच कौन से पीक्स भिन्न हैं, आगे के विश्लेषण का आधार बनेगा, जिसका लक्ष्य इन अंतरों को चलाने वाले अंतर्निहित मैकेनिज़्म को समझना है. फिलहाल, आइए डिफ़रेंशियली बाउंड पीक्स ढूँढने पर ध्यान दें. DiffBind का dba.analyze() फंक्शन आपको यह करने देता है. पिछले अभ्यास में, आपने ट्यूमर प्रकारों के बीच तुलना के लिए कॉन्ट्रास्ट सेट किया था. कॉन्ट्रास्ट वाले ऑब्जेक्ट का उपयोग करते हुए, आप शेष काम करने के लिए बस dba.analyze() कॉल कर सकते हैं.
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq
अभ्यास निर्देश
- यह जाँचिए कि आवश्यक कॉन्ट्रास्ट मौजूद है, इसके लिए
ar_bindingऑब्जेक्ट को देखें. - डिफ़रेंशियल बाइंडिंग विश्लेषण चलाएँ.
- परिणाम जाँचें.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Examine the `ar_binding` object to confirm that it contains the required contrast
print(___)
# Run the differential binding analysis
ar_diff <- ___(ar_binding)
# Examine the result
print(___)