शुरू करेंमुफ़्त में शुरू करें

पीक्स को जीन्स से जोड़ना

आप पीक्स, जीन, और उनके फंक्शन के बीच संबंध को विस्तार से समझने के लिए लगभग तैयार हैं। लेकिन पहले, देखते हैं कि पीक लोकेशन जीन्स से कैसे संबंधित होती हैं। इस उद्देश्य के लिए chipenrich पैकेज उपयोगी plotting फंक्शन देता है। peaks ऑब्जेक्ट में वे पीक्स की coordinates हैं जिन्हें आपने पहले इस्तेमाल किया था। plot_dist_to_tss() फंक्शन पीक लोकेशन्स और जीन्स के transcription start site (TSS) के बीच दूरी के वितरण का प्लॉट बना सकता है.

plot_chipenrich_spline() फंक्शन आपको जीन की लंबाई के सापेक्ष पीक्स की frequency आँकने देता है। observed frequencies के अलावा, यह Fisher's exact test, एक binomial मॉडल, और chipenrich() फंक्शन द्वारा उपयोग किए गए मॉडल के लिए expected distribution भी प्लॉट करता है.

यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है

R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

पाठ्यक्रम देखें

इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास

इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।

# Plot distribution of distances between peaks and transcription start sites
___(___, genome = "hg19")
कोड संपादित करें और चलाएँ