कौन-से पीक्स अलग हैं?
आइए देखें कि पीक कॉल्स के संदर्भ में सैंपल कितने अलग हैं. जिन मर्ज्ड पीक्स पर आप पहले काम कर चुके हैं, उनमें अलग-अलग सैंपल्स के बीच कितने पीक्स साझा हैं?
इस प्रश्न का उत्तर देने वाला एक प्लॉट Venn diagram है. इन्हें सीधे DBA ऑब्जेक्ट से dba.plotVenn() फंक्शन की मदद से बनाया जा सकता है. एक विकल्प UpSet प्लॉट है, जिसे आप UpSetR पैकेज से बना सकते हैं. यह Venn diagram की अंडाकार आकृतियों की जगह बार प्लॉट्स की एक श्रृंखला दिखाता है, जो विभिन्न सबसेट्स के आकार को दर्शाती है. upset() फंक्शन के लिए आपको एक डेटा फ्रेम देना होता है जिसमें हर सेट, यानी सैंपल, के लिए एक कॉलम हो, जो हर पीक की सेट में सदस्यता दर्शाए. आवश्यक डेटा ar_diff ऑब्जेक्ट के called फ़ील्ड में मौजूद है.
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
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# Create Venn diagram
___(ar_diff, mask=1:4)