BAM फाइलें पढ़ना
शुरू करने के लिए, आप एक BAM फाइल से mapped reads को R में पढ़ेंगे। ये फाइलें read sequences और reference genome के बीच alignment की जानकारी को compressed binary फ़ॉर्मेट में स्टोर करती हैं। जीनोमिक डेटा का विश्लेषण करते समय BAM फाइलों से डेटा लोड करना एक सामान्य कार्य है.
इस अभ्यास में, आप पहले एक BAM फाइल से सभी reads लोड करेंगे। यह सीधा है, लेकिन मेमोरी बहुत ले सकता है, इसलिए दूसरे भाग में, आप सीखेंगे कि किसी region of interest से केवल वही reads कैसे लोड करें.
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq
अभ्यास निर्देश
readGAlignments()फंक्शन का उपयोग करके chr20_bam फाइल से reads लोड करें.- क्रोमोसोम 20 पर region 29805000 - 29820000 को कवर करते हुए chr20_bam के लिए एक
BamViewsऑब्जेक्ट बनाएँ. - उसी view में केवल वे reads लोड करने के लिए फिर से
readGAlignments()का उपयोग करें. str()सेreads_subऑब्जेक्ट निरीक्षण करें.
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Load reads form chr20_bam file
reads <- ___(chr20_bam)
# Create a `BamViews` object for the range 29805000 - 29820000 on chromosome 20
bam_views <- ___(___, bamRanges=GRanges("chr20", IRanges(start=29805000, end=29820000)))
# Load only the reads in that view
reads_sub <- ___(___)
# Inspect the `reads_sub` object
___(reads_sub)