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सैंपल्स का क्लस्टरिंग

सैंपल्स के बीच समानता देखने का एक और तरीका hierarchical clustering है। यह प्रक्रिया दो चरणों में होती है। पहले, आपको dist() फंक्शन का उपयोग करके पीक्स के (normalized coverage) के आधार पर सैंपल्स के बीच दूरी गणना करनी होगी। फिर आप इन pairwise दूरियों का उपयोग hclust() से मिलते-जुलते सैंपल्स को एक साथ समूहबद्ध करने में कर सकते हैं। इससे एक डेंड्रोग्राम बनेगा जो सैंपल्स के बीच hierarchical संबंध को दिखाता है। उपयुक्त रूप से normalized coverage डेटा वाली एक मैट्रिक्स R ऑब्जेक्ट cover के रूप में उपलब्ध है।

यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है

R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

पाठ्यक्रम देखें

अभ्यास निर्देश

  • dist() का उपयोग करके सैंपल्स के बीच pairwise दूरी गणना करें।
  • distance मैट्रिक्स से डेंड्रोग्राम बनाने के लिए hclust() का उपयोग करें।
  • डेंड्रोग्राम को प्लॉट करें।

इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास

इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।

# Compute the pairwise distances between samples using `dist`
cover_dist <- ___(t(cover))

# Use `hclust()` to create a dendrogram from the distance matrix
cover_dendro <- ___(cover_dist)

# Plot the dendrogram
plot(___)
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