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प्रोटीन बाइंडिंग में अंतर का विज़ुअलाइज़ेशन

PCA प्लॉट और डेंड्रोग्राम दोनों दर्शाते हैं कि primary tumors और treatment-resistant tumors के सैंपल अलग-अलग एक-एक क्लस्टर बनाते हैं. यह उत्साहजनक है, लेकिन इससे यह नहीं पता चलता कि ये अंतर दिखते कैसे हैं. इस अभ्यास में, आप एक heatmap बनाएँगे जो सैंपल्स के बीच peak intensity की तुलना करता है. इससे प्रोटीन बाइंडिंग के ऐसे पैटर्न उजागर हो सकते हैं जो सैंपल समूहों के बीच अंतर बताते हैं.

सभी सैंपल्स में मिलाकर peaks का सेट peaks के रूप में उपलब्ध है. इससे peaks का heatmap बनाने के लिए, आपको यह जानना होगा कि डेटासेट में कुल कितने peaks हैं. merged peak सेट का विवरण peaks की merged एंट्री में उपलब्ध है.

यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है

R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

पाठ्यक्रम देखें

अभ्यास निर्देश

  • peaks ऑब्जेक्ट प्रिंट करें.
  • merged peaks के coordinates प्राप्त करें.
  • डेटा में मौजूद peaks की संख्या निकालें.
  • dba.plotHeatmap फंक्शन का उपयोग करके एक heatmap बनाएँ.

इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास

इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।

# Print the `peaks` object
print(___)

# Obtain the coordinates of the merged peaks
merged_peaks <- peaks$___

# Extract the number of peaks present in the data
peak_count <- nrow(___)

# Create a heatmap using the `dba.plotHeatmap()` function
___(peaks, maxSites = ___, correlations = FALSE)
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