प्रोटीन बाइंडिंग में अंतरों का सारांश
इस पाठ में जिन differentially bound peaks के अंतिम प्लॉट को आप देखेंगे, वह एक box plot है. इस तरह का प्लॉट प्रत्येक सैंपल में peak intensities के distribution का सारांश देने में उपयोगी होता है. इसी उद्देश्य के लिए DiffBind dba.plotBox() फंक्शन प्रदान करता है. Box plots अलग-अलग समूहों में median की स्थिति और उसके आसपास डेटा के फैलाव को उजागर करते हैं. DiffBind द्वारा बनाया गया प्लॉट दो समूहों (primary और treatment-resistant tumor) की तुलना करता है, साथ ही differentially bound peaks से बने उप-समूहों की भी. प्लॉट के अलावा, dba.plotBox() इन समूहों के बीच pairwise comparisons के लिए p-values भी लौटाता है.
पहले की तरह, differential binding analysis के परिणाम ar_diff के रूप में उपलब्ध हैं.
यह अभ्यास पाठ्यक्रम का हिस्सा है
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq
अभ्यास निर्देश
- Peak intensities का box plot बनाएँ.
- लौटे हुए p-values देखें. कौन-से peak sets एक-दूसरे से महत्वपूर्ण रूप से भिन्न हैं?
इंटरैक्टिव व्यावहारिक अभ्यास
इस अभ्यास को इस नमूना कोड को पूरा करके आज़माएँ।
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)