Des gènes qui font la différence

Repérer les pics ChIP-seq, c'est bien, mais cela ne dit pas grand-chose sur ce qui se passe dans la cellule. Dans cet exercice, vous aurez un aperçu de la façon d'utiliser les annotations du génome pour donner du sens aux résultats de ChIP-seq. Deux ensembles de gènes ont été chargés dans votre session R. Le premier, ar_sets, contient la liste de tous les gènes associés à des pics dans les tumeurs primaires et résistantes au traitement. Le second, db_sets, est un sous-ensemble du premier qui contient uniquement les gènes associés à des pics montrant des signes de liaison différentielle entre les deux conditions.

Vous utiliserez la fonction upset() du paquet UpSetR pour visualiser le chevauchement entre les ensembles de gènes pour les échantillons de tumeurs primaires et résistantes au traitement.

Cette activité fait partie du cours

ChIP-seq avec Bioconductor en R

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Instructions de l’exercice

Examinez l'ensemble complet de gènes stocké dans l'objet ar_sets.
Visualisez le chevauchement entre les deux groupes à l'aide de la fonction upset().
Examinez les gènes présentant une liaison différentielle.
Visualisez le chevauchement des pics liés différentiellement entre les deux groupes à l'aide de la fonction upset().

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Take a look at the full gene sets
print(___)

# Visualise the overlap between the two groups using the `upset` function
upset(fromList(___))

# Print the genes with differential binding
___(db_sets)

# Visualise the overlap of differentially bound peaks between the two groups using the `upset` function
___(fromList(___))

Modifier et exécuter le code