Visualiser les différences d'attachement des protéines
Le tracé PCA et le dendrogramme indiquent tous deux que les échantillons provenant de tumeurs primaires et de tumeurs résistantes au traitement forment chacun un regroupement. C'est prometteur, mais cela vous en dit très peu sur la nature de ces différences. Dans cet exercice, vous allez créer une carte thermique qui compare l'intensité des pics entre les échantillons. Cela peut aider à faire ressortir des profils d'attachement des protéines qui distinguent des groupes d'échantillons.
L'ensemble de pics, consolidé entre les échantillons, est disponible sous peaks. Pour créer une carte thermique des pics à partir de cet objet, vous devez savoir
combien de pics contient l'ensemble de données. Les détails de l'ensemble de pics fusionnés se trouvent dans l'entrée merged de peaks.
Cette activité fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions de l’exercice
- Affichez l'objet
peaks. - Obtenez les coordonnées des pics fusionnés.
- Extrayez le nombre de pics présents dans les données.
- Créez une carte thermique avec la fonction
dba.plotHeatmap.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Print the `peaks` object
print(___)
# Obtain the coordinates of the merged peaks
merged_peaks <- peaks$___
# Extract the number of peaks present in the data
peak_count <- nrow(___)
# Create a heatmap using the `dba.plotHeatmap()` function
___(peaks, maxSites = ___, correlations = FALSE)