Repérer les thèmes communs
Le paquet chipenrich fournit la fonction chipenrich() pour repérer les groupes de gènes plus souvent associés à des pics ChIP-seq que ce qui serait attendu par hasard. Pour y arriver, il est important de déterminer comment regrouper les gènes. Dans cet exercice, vous allez explorer les jeux de gènes Hallmark définis au Broad Institute.
En général, vous voudriez restreindre l'analyse aux pics liés différemment afin de mettre en évidence les processus moléculaires qui distinguent les deux groupes d'échantillons. Étant donné la petite taille d'échantillon des données avec lesquelles vous travaillez, vous allez simplement examiner les pics qui présentent un signal plus fort dans les échantillons de tumeurs résistantes au traitement.
Cette activité fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions de l’exercice
- Sélectionnez tous les pics dont l'intensité est plus élevée dans les échantillons résistants au traitement que dans les échantillons de tumeur primaire.
- Exécutez l'analyse d'enrichissement.
- Affichez les résultats de l'analyse.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Select all peaks with higher intensity in treatment resistant samples
turp_peaks <- peaks_binding[, "GSM1598218"] + peaks_binding[, "GSM1598219"] < ___[, "GSM1598223"] + ___[, "GSM1598225"]
# Run enrichment analysis
enrich_turp <- ___(peaks_comb[turp_peaks, ], genome="hg19",
genesets = "hallmark", out_name = NULL,
locusdef = "nearest_tss", qc_plots=FALSE)
# Print the results of the analysis
___(enrich_turp$results)