Associer les pics aux gènes

Vous êtes presque prêt à explorer plus en détail le lien entre les pics, les gènes et leur fonction. Mais d'abord, regardons de plus près comment l'emplacement des pics se rapporte aux gènes. Le paquet chipenrich offre des fonctions de visualisation utiles à cette fin. L'objet peaks contient les coordonnées des pics que vous avez utilisés plus tôt. La fonction plot_dist_to_tss() peut générer un graphique de la distribution des distances entre l'emplacement des pics et le site d'initiation de la transcription (TSS) des gènes.

La fonction plot_chipenrich_spline() vous permet d'évaluer la fréquence des pics en fonction de la longueur des gènes. En plus des fréquences observées, elle trace aussi la distribution prévue pour le test exact de Fisher, un modèle binomial et le modèle utilisé par la fonction chipenrich().