Tracer une région en détail
À vous de tracer une région génomique avec Gviz. Toutes les données de cet exercice proviennent du chromosome 20 d'un seul échantillon. Un idéogramme du chromosome 20 a été préparé pour vous et est disponible sous le nom ideogram. Les lectures alignées ont déjà été converties en données de couverture. Cette information est disponible sous forme d'objet GRanges appelé cover_ranges. Les appels de pics dans la région que vous allez tracer sont stockés dans l'objet peak_calls.
Le chargement de toutes les données et des progiciels R requis pour cet exercice peut prendre un moment. Merci de votre patience.
Cette activité fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions de l’exercice
- Créez des pistes d'annotation pour les appels de pics.
- Créez une piste de données pour la couverture des lectures.
- Affichez le graphique en présentant, de haut en bas, un idéogramme, la piste de couverture, la piste des appels de pics et un axe affichant la position génomique.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")
# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)