Regrouper les échantillons (clustering)
Une autre façon d'examiner les similarités entre des échantillons est le regroupement hiérarchique. Ce processus comporte deux étapes. D'abord, vous devez calculer la
distance entre les échantillons à partir de la couverture normalisée des pics en utilisant la fonction dist(). Ensuite, vous pouvez utiliser ces distances par paires pour regrouper les échantillons similaires
avec hclust(). Cela produira un dendrogramme qui illustre la relation hiérarchique entre les échantillons.
Une matrice contenant des données de couverture correctement normalisées est disponible comme objet R cover.
Cette activité fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions de l’exercice
- Calculez les distances par paires entre les échantillons à l'aide de
dist(). - Utilisez
hclust()pour créer un dendrogramme à partir de la matrice de distances. - Tracez le dendrogramme.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Compute the pairwise distances between samples using `dist`
cover_dist <- ___(t(cover))
# Use `hclust()` to create a dendrogram from the distance matrix
cover_dendro <- ___(cover_dist)
# Plot the dendrogram
plot(___)