Lecture de fichiers BAM

Pour commencer, vous allez lire dans R des lectures alignées à partir d'un fichier BAM. Ces fichiers stockent, dans un format binaire compressé, de l'information sur l'alignement entre les séquences lues et le génome de référence. Charger des données à partir de fichiers BAM est une tâche courante en analyse génomique.

Dans cet exercice, vous chargerez d'abord toutes les lectures d'un fichier BAM. C'est simple, mais cela peut exiger beaucoup de mémoire. Dans la deuxième partie, vous verrez donc comment charger seulement les lectures d'une région d'intérêt.

Cette activité fait partie du cours

ChIP-seq avec Bioconductor en R

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Instructions de l’exercice

Chargez les lectures du fichier chr20_bam avec la fonction readGAlignments().
Créez un objet BamViews pour chr20_bam couvrant la région 29805000 - 29820000 sur le chromosome 20.
Utilisez de nouveau readGAlignments() pour ne charger que les lectures dans cette vue.
Examinez l'objet reads_sub avec str().

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Load reads form chr20_bam file
reads <- ___(chr20_bam)

# Create a `BamViews` object for the range 29805000 - 29820000 on chromosome 20
bam_views <- ___(___, bamRanges=GRanges("chr20", IRanges(start=29805000, end=29820000)))

# Load only the reads in that view
reads_sub <- ___(___)

# Inspect the `reads_sub` object
___(reads_sub)

Modifier et exécuter le code