Utiliser des annotations

Dans cet exercice, vous utiliserez des coordonnées de gènes obtenues à partir du paquet TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene. Ce paquet fournit les coordonnées de tous les gènes humains connus. Un objet GRanges contenant les coordonnées et un identifiant unique pour les gènes sur le chromosome 20 a été chargé pour vous sous le nom human_genes.

Même si ces identifiants sont utiles pour repérer les gènes, ils ne sont pas faciles à interpréter. Il peut être pertinent d'ajouter aussi les symboles de gènes, plus parlants pour les humains. On peut y arriver à l'aide du paquet org.Hs.eg.db, qui fournit des correspondances entre différents ensembles d'identifiants de gènes. La fonction select() permet d'obtenir, pour chaque identifiant, un symbole de gène, stocké dans la colonne SYMBOL. Une fois cette information extraite, vous pouvez l'ajouter au tableau des emplacements des gènes.

Cette activité fait partie du cours

ChIP-seq avec Bioconductor en R

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Instructions de l’exercice

Obtenez les symboles de gènes à partir de la colonne SYMBOL de org.Hs.eg.db.
Examinez la structure des annotations retournées.
Ajoutez les symboles de gènes à human_genes.
Examinez le résultat.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Obtain gene symbols
gene_symbol <- ___(org.Hs.eg.db, keys=human_genes$gene_id, columns="SYMBOL", keytype="ENTREZID")

# Examine the structure of the returned annotations
str(___)

# Add gene symbols to gene coordinates
human_genes$symbol <- ___

# Examine output
print(human_genes)

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