Nuage MA
Un nuage MA illustre les écarts entre deux groupes par rapport à l'intensité moyenne du signal. C'est utile pour évaluer les biais potentiels dans les données. En général, on ne s'attend pas à ce que la plupart des intensités des pics changent entre les conditions. Les points du graphique devraient donc se regrouper autour d'une ligne horizontale à 0, ce qui correspond à l'absence de changement. Les nuages MA sont aussi utiles pour avoir rapidement une idée visuelle de l'ampleur des différences entre les groupes.
Comme pour les fonctions de tracé utilisées plus tôt, DiffBind fournit une fonction, dba.plotMA(), pour créer des nuages MA qui peuvent extraire toute l'information nécessaire de l'objet DBA.
Cette activité fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions de l’exercice
- Utilisez la fonction
dba.plotMA()pour créer un nuage MA. - Regardez le graphique. Remarquez que les différences significatives sont mises en évidence.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Create an MA plot
___(ar_diff)