Revenir sur l'ACP et la carte thermique
Maintenant que vous avez repéré les principales différences entre les échantillons, vous pouvez créer une autre série de graphiques pour les comparer. Ils ressemblent beaucoup à ceux que vous avez déjà vus, mais cette fois, vous utilisez uniquement les pics présentant une liaison différentielle. Cela réduit le bruit dans le graphique et met mieux en évidence les différences. Les fonctions de traçage de DiffBind ont un paramètre contrast qui permet d'indiquer quelle comparaison utiliser pour sélectionner les pics à représenter. Dans cet exercice, vous comparerez les graphiques d'origine à leurs versions épurées.
Cette activité fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Create a PCA plot using all peaks
___(ar_diff, DBA_CONDITION)