Pics vs arrière-plan
Il est maintenant temps de comparer la distribution de la couverture des pics, des régions sur liste noire et de l'arrière-plan. Dans cet exercice, vous examinerez les données du chromosome 5.
Les dénombrements de lectures par compartiment (bins) pour les pics, les régions sur liste noire et l'arrière‑plan pour ce chromosome sont disponibles sous peak_bins, bl_bins et bkg_bins, respectivement. La colonne score contient les dénombrements de lectures.
Le chargement de toutes les données et des modules R nécessaires peut prendre un moment. Merci de votre patience.
Cette activité fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions de l’exercice
- Préparez les dénombrements de lectures pour la visualisation en les organisant dans des cadres de données.
- Combinez les trois cadres de données avec
rbind(). - Créez un diagramme à boîtes des dénombrements de lectures selon le type de compartiment (bin).
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Prepare read counts for plotting by organising them in data frames
peak_scores <- data.frame(source="peaks", fragments=___$score)
bl_scores <- data.frame(source="blacklist", fragments=___)
bkg_scores <- data.frame(source="background", fragments=___)
scores <- rbind(___, ___, ___)
# Create a boxplot of the read counts by bin type
ggplot(___, aes(y=fragments, x=source)) + geom_boxplot()