Ajuster le modèle
Vous êtes maintenant prêt à effectuer l'analyse de liaison différentielle. Celle-ci indiquera quels pics diffèrent de façon significative en intensité entre les deux types de tumeurs. Savoir quels pics varient entre les groupes servira de base à des analyses ultérieures visant à déterminer les mécanismes sous-jacents qui expliquent ces différences. Pour l'instant, voyons comment repérer les pics liés différemment. La fonction dba.analyze() de DiffBind vous permet de le faire. Dans l'exercice précédent, vous avez défini le contraste pour la comparaison entre les types de tumeurs. En utilisant l'objet contenant ce contraste, vous pouvez simplement appeler dba.analyze() pour faire le reste du travail.
Cette activité fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions de l’exercice
- Examinez l'objet
ar_bindingpour confirmer qu'il contient le contraste requis. - Exécutez l'analyse de liaison différentielle.
- Examinez le résultat.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Examine the `ar_binding` object to confirm that it contains the required contrast
print(___)
# Run the differential binding analysis
ar_diff <- ___(ar_binding)
# Examine the result
print(___)