Retirer les régions sur liste noire
Repérer et retirer les pics situés dans des régions sur liste noire est une étape importante pour préparer les données à des analyses plus poussées. Pour cet exercice, nous utilisons la liste noire incluse dans le paquet ChIPQC. Elle est aussi offerte directement par ENCODE.
Pour les besoins de cet exercice, les appels de pics se trouvent dans peaks, les données de couverture dans cover, et les régions sur liste noire dans blacklist.hg19. La fonction findOverlaps() vous sera utile ici. Vous avez déjà vu la notion de régions qui se chevauchent dans le cours d'introduction à Bioconductor, et nous y reviendrons plus loin dans ce chapitre.
Le chargement de toutes les données et des paquets R requis peut prendre un moment. Merci de votre patience.
Cette activité fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions de l’exercice
- Trouvez tous les chevauchements entre les pics et les régions sur liste noire.
- Tracez la couverture des lectures, les appels de pics et les régions sur liste noire avec Gviz.
- Retirez tous les pics sur liste noire.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Find all overlaps between peaks and blacklisted regions
blacklisted <- ___(peaks, blacklist.hg19, type="within")
# Create a plot to display read coverage together with peak calls and blacklisted regions in the selected region
cover_track <- ___(cover, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Calculate peak_track and region_track, plot plotTracks
peak_track <- ___(peaks, name="Peaks", fill="orange")
region_track <- ___(region, name="Blacklist")
plotTracks(list(ideogram, cover_track, peak_track, region_track, GenomeAxisTrack()),
chromosome="chr21", from=start(region)-1000, to=end(region)+1000)
# Remove all blacklisted peaks
clean_peaks <- ___[-from(blacklisted)]