Résumer les différences de liaison des protéines
Le dernier graphique des pics différentiellement liés que vous verrez dans cette leçon est un diagramme en boîtes. Ce type de graphique est utile pour résumer la distribution des intensités des pics dans chaque échantillon. DiffBind offre la fonction dba.plotBox() à cette fin. Les diagrammes en boîtes mettent en évidence l'emplacement de la médiane dans différents groupes ainsi que la dispersion des données autour de celle-ci. Le graphique produit par DiffBind compare les deux groupes (tumeur primaire et tumeur résistante au traitement) ainsi que les sous-groupes formés des pics différentiellement liés. En plus du graphique lui-même, dba.plotBox() renvoie aussi des valeurs p pour les comparaisons par paires entre ces groupes.
Comme précédemment, les résultats de l'analyse de liaison différentielle sont accessibles sous ar_diff.
Cette activité fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions de l’exercice
- Créez un diagramme en boîtes des intensités des pics.
- Examinez les valeurs p renvoyées. Quels ensembles de pics sont significativement différents les uns des autres?
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)