Nuage volcan
Les graphiques « volcano » illustrent la relation entre la différence entre les groupes (exprimée en log fold change) et les valeurs p du test comparant l'intensité des pics. Cela offre un aperçu visuel des résultats statistiquement significatifs et de leur ampleur d'effet. DiffBind fournit la fonction dba.plotVolcano() pour créer ces graphiques.
L'objet ar_diff contient les résultats de l'analyse de liaison différentielle.
Cette activité fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions de l’exercice
- Créez un nuage volcan.
- Examinez le graphique. Où se trouvent les résultats significatifs ?
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Create a volcano plot
___(ar_diff)