Appels de pics
Les lectures sont réparties dans tout le génome, mais les emplacements liés à la protéine étudiée attireront de nombreuses lectures qui se chevauchent, ce qui crée des pics de couverture. Ces pics sont généralement consignés avec leurs coordonnées génomiques ainsi qu'un pointage qui indique l'intensité du signal observé pour ce pic.
Un ensemble d'appels de pics a été chargé dans R pour vous. Les appels de pics sont stockés dans un objet GenomicRanges appelé peaks. En plus des fonctions habituelles pour accéder au contenu des objets GenomicRanges, deux fonctions pratiques sont offertes pour les appels de pics. Vous pouvez utiliser la fonction chrom pour obtenir le chromosome où se situe un pic et la fonction score pour obtenir son pointage.
Cette activité fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions de l’exercice
- Affichez un résumé de
peaks. - Utilisez la fonction
score()pour trouver l'indice du pic ayant le plus haut pointage. - Extrayez les coordonnées génomiques du pic ayant le plus haut pointage à l'aide des fonctions
chrom()etranges().
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)
# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))
# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___