Regrouper les pics
Avant d'explorer l'annotation des appels de pics, il peut être utile de voir comment obtenir un ensemble de pics fusionné qui intègre les appels de tous les échantillons. Le paquet ChIPpeakAnno fournit la fonction findOverlapsOfPeaks() à cette fin. Elle permet de fusionner des ensembles de pics, représentés comme des GenomicRanges, provenant d'au plus cinq échantillons.
Avant d'utiliser cette fonction, vous devez extraire l'information sur les appels de pics de l'objet ChIPQCexperiment que vous avez créé plus tôt. Vous pouvez récupérer les emplacements des pics avec la fonction peaks(). Notez que cela renverra les appels de pics pour tous les échantillons, y compris ceux qui n'ont pas réussi le contrôle de qualité (QC). Un vecteur contenant les indices des échantillons que nous avons sélectionnés pour l'analyse ultérieure lors de l'étape de QC est disponible sous qc_pass.
Cette activité fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions de l’exercice
- Extraire les pics de l'objet ChIPQCexperiment.
- Écarter tous les échantillons qui ont échoué au QC.
- Trouver les chevauchements entre les ensembles de pics avec la fonction
findOverlapsOfPeaks(). - Examiner l'ensemble de pics fusionné accessible sous l'entrée
mergedPeaks.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Extract peaks from ChIPQCexperiment object
peak_calls <- ___(ar_calls)
# Only keep samples that passed QC
peak_passed <- ___[qc_pass]
# Find overlaps between peak sets
peaks_combined <- ___(peak_passed[[1]], peak_passed[[2]], peak_passed[[3]], peak_passed[[4]], maxgap=50)
# Examine merged peak set
print(___)