Configuration du modèle
Avant d'exécuter la comparaison proprement dite entre les groupes, vous devez indiquer à DiffBind comment les échantillons sont répartis. Le plus simple est d'utiliser l'une des catégories prédéfinies que DiffBind associe aux échantillons. Elles comprennent des groupements courants comme la condition ou le tissu associé à chaque échantillon. Vous pouvez préciser celle que vous souhaitez utiliser avec l'argument categories, au moyen de constantes comme DBA_CONDITION et DBA_TISSUE. La page d'aide de dba.contrast() propose la liste complète des constantes disponibles.
Cette activité fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions de l’exercice
- Examinez l'objet
ar_binding. - Repérez la catégorie correspondant à la condition Tumeur primaire (primary) et Résistante au traitement (TURP).
- Établissez le contraste pour comparer les deux types de tumeurs.
- Examinez l'objet
dba_peakspour confirmer que le contraste a été ajouté.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Examine the ar_binding object
print(___)
# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____
# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)
# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)