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Lecture de fichiers BED

Dans cet exercice, vous allez charger des appels de pics à partir d'un fichier BED et utiliser l'information sur l'emplacement des pics pour extraire, d'un fichier BAM, les lectures qui chevauchent ces pics.

Cette activité fait partie du cours

ChIP-seq avec Bioconductor en R

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Instructions de l’exercice

  • Utilisez la fonction import.bed pour charger les appels de pics depuis chr20_peaks.
  • Utilisez ces appels de pics pour créer un objet BamViews pour chr20_bam.
  • Chargez les lectures qui chevauchent les appels de pics.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Load peak calls from chr20_peaks
peaks <- ___(chr20_peaks)

# Create a BamViews object
bam_views <- ___(___, bamRanges=peaks)

# Load the reads
reads <- ___(___)
Modifier et exécuter le code