Filtrer les lectures

Dans cet exercice, vous allez nettoyer davantage les données en retirant les lectures dont l'alignement est de faible qualité. Pour ce faire, vous devez charger les qualités d'alignement à partir du fichier BAM. Elles sont stockées dans le champ mapq.

Cette activité fait partie du cours

ChIP-seq avec Bioconductor en R

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Instructions de l’exercice

Chargez reads avec l'information sur la qualité d'alignement associée à chaque lecture.
Repérez tous les alignements ayant une qualité d'au moins 20.
Créez un diagramme en boîtes pour comparer la distribution des qualités d'alignement entre les groupes de haute et de faible qualité.
Retirez tous les alignements de faible qualité.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Load reads with mapping qualities by requesting the "mapq" entries
reads <- readGAlignments(bam_file, param=ScanBamParam(what=___))

# Identify good quality alignments
high_mapq <- mcols(reads)$mapq >= ___

# Examine mapping quality distribution for high and low quality alignments
___(mcols(reads)$mapq ~ high_mapq, xlab="good quality alignments", ylab="mapping quality")

# Remove low quality alignments
reads_good <- subset(reads, ___)

Modifier et exécuter le code