Annotation des pics
Dans les exercices précédents, vous avez créé un tableau des appels de pics fusionnés pour tous les échantillons (disponible ici sous peaks_merged) et un tableau avec les annotations de gènes (disponible sous human_genes). Il est maintenant temps de combiner l'information des deux tableaux à l'aide de la fonction annoPeaks() fournie par le plugiciel ChIPpeakAnno. Pour chaque pic suffisamment près du site de démarrage d'un gène (tel que déterminé par l'argument bindingRegion), cette fonction retournera, dans un cadre de données, des renseignements détaillés sur le gène en question. Cela comprend une colonne, insideFeature, qui indique où se situe le pic par rapport au gène.
Cette activité fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions de l’exercice
- Annotez les pics avec le gène le plus proche.
- Déterminez le nombre de pics qui ont été annotés avec des gènes.
- Créez un tableau récapitulatif indiquant où les pics se trouvent par rapport aux gènes.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Annotate peaks with closest gene
peak_anno <- ___(peaks_merged, human_genes, bindingType="startSite", bindingRegion=c(-5000,5000))
# How many peaks were found close to genes?
length(___)
# Where are peaks located relative to genes?
table(peak_anno$___)