Examiner de plus près les voies
Dans cet exercice, vous allez construire une URL menant à une voie repérée par l'analyse d'enrichissement et mettant en évidence les gènes présentant des pics ChIP-seq. Cela vous permet d'avoir un aperçu de la façon dont les gènes — ou plutôt les protéines qu'ils codent — interagissent entre eux et avec d'autres protéines. Avec un peu d'expérience, cela peut rapidement suggérer des mécanismes potentiels qui expliqueraient les différences observées entre les groupes à l'étude.
Le format général de ces URL est le suivant : https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
Vous allez construire l'URL nécessaire pour afficher la voie la mieux classée par l'analyse d'enrichissement, en surlignant les gènes associés aux pics. Les objets top_path et genes que vous avez créés plus tôt sont disponibles pour vous dans l'espace de travail.
Cette activité fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions de l’exercice
- Ajoutez l'identifiant de la voie à l'URL.
- Regroupez en une seule chaîne les identifiants des gènes de la voie associés à des pics, séparés par des
'+'. - Ajoutez la chaîne de sélection des gènes à l'URL.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")