Calculer la couverture
Il est maintenant temps d'étendre les lectures jusqu'à la longueur moyenne des fragments afin d'obtenir une meilleure estimation de la couverture. L'extension des lectures permet de regrouper en un seul sommet de couverture les lectures provenant des deux extrémités d'un fragment, ce qui aide à distinguer les sommets du bruit de fond.
Le fichier BAM pour l'échantillon GSM1598218 que vous allez utiliser dans cet exercice a déjà été chargé pour vous. La longueur moyenne des fragments pour cet échantillon est de 183 pb. Les lectures sont disponibles sous forme d'objet GRanges nommé reads_gr.
Le chargement de toutes les données et de tous les modules R requis pour cet exercice peut prendre un moment. Merci de votre patience.
Cette activité fait partie du cours
ChIP-seq avec Bioconductor en R
Instructions de l’exercice
- Étendez les lectures à la longueur moyenne des fragments.
- Calculez la couverture des fragments.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Extend reads to the average fragment length of 183 bp
reads_ext <- ___(reads_gr, width=___)
# Compute coverage
cover <- ___(___)