1. Learn
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. ChIP-seq s Bioconductor v R
Connected

Exercise

Geny, které hrají roli

Identifikace ChIP-seq píků je sice užitečná, ale sama o sobě toho o dění uvnitř buňky moc neprozradí. V tomto cvičení si trochu předběhneme a ukážeme, jak lze pomocí genomových anotací dát výsledkům ChIP-seq hlubší smysl. Do R session byly načteny dva sety genů. První, ar_sets, obsahuje seznam všech genů spojených s píky v primárních nádorech a nádorech rezistentních na léčbu. Druhý, db_sets, je podmnožinou prvního a obsahuje pouze geny spojené s píky, u nichž jsou patrné známky diferenciální vazby mezi oběma podmínkami.

Pomocí funkce upset() z balíčku UpSetR vizualizuješ překryv mezi genovými sety pro vzorky primárních nádorů a nádorů rezistentních na léčbu.

Instructions

100 XP
  • Prohlédni si úplné genové sety uložené v objektu ar_sets.
  • Vizualizuj překryv mezi oběma skupinami pomocí funkce upset().
  • Prohlédni si geny s diferenciální vazbou.
  • Vizualizuj překryv diferenciálně vázaných píků mezi oběma skupinami pomocí funkce upset().