Geny, které hrají roli

Identifikace ChIP-seq píků je sice užitečná, ale sama o sobě toho o dění uvnitř buňky moc neprozradí. V tomto cvičení si trochu předběhneme a ukážeme, jak lze pomocí genomových anotací dát výsledkům ChIP-seq hlubší smysl. Do R session byly načteny dva sety genů. První, ar_sets, obsahuje seznam všech genů spojených s píky v primárních nádorech a nádorech rezistentních na léčbu. Druhý, db_sets, je podmnožinou prvního a obsahuje pouze geny spojené s píky, u nichž jsou patrné známky diferenciální vazby mezi oběma podmínkami.

Pomocí funkce upset() z balíčku UpSetR vizualizuješ překryv mezi genovými sety pro vzorky primárních nádorů a nádorů rezistentních na léčbu.

Toto cvičení je součástí kurzu

ChIP-seq s Bioconductor v R

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

Prohlédni si úplné genové sety uložené v objektu ar_sets.
Vizualizuj překryv mezi oběma skupinami pomocí funkce upset().
Prohlédni si geny s diferenciální vazbou.
Vizualizuj překryv diferenciálně vázaných píků mezi oběma skupinami pomocí funkce upset().

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Take a look at the full gene sets
print(___)

# Visualise the overlap between the two groups using the `upset` function
upset(fromList(___))

# Print the genes with differential binding
___(db_sets)

# Visualise the overlap of differentially bound peaks between the two groups using the `upset` function
___(fromList(___))

Upravit a spustit kód