1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. ChIP-seq s Bioconductor v R
Connected

cvičení

Nastavení modelu

Než spustíš samotné porovnání mezi skupinami, musíš DiffBind říct, jak jsou vzorky mezi ně rozděleny. Nejjednodušší způsob je využít jednu z předdefinovaných kategorií, které DiffBind ke vzorkům přiřazuje. Patří sem běžně používaná seskupení, například podmínka nebo tkáň spojená s každým vzorkem. Požadovanou kategorii zadáš prostřednictvím argumentu categories pomocí konstant jako DBA_CONDITION nebo DBA_TISSUE. Kompletní seznam dostupných konstant najdeš na stránce nápovědy pro funkci dba.contrast().

Pokyny

100 XP
  • Prohlédni si objekt ar_binding.
  • Najdi kategorii odpovídající podmínkám primárního nádoru (primary) a rezistence na léčbu (TURP).
  • Nastav kontrast pro porovnání dvou typů nádorů.
  • Prohlédni si objekt dba_peaks a ověř, že kontrast byl přidán.