Nastavení modelu
Než spustíš samotné porovnání mezi skupinami, musíš DiffBind říct, jak jsou vzorky mezi ně rozděleny. Nejjednodušší způsob je využít jednu z předdefinovaných kategorií, které DiffBind ke vzorkům přiřazuje. Patří sem běžně používaná seskupení, například podmínka nebo tkáň spojená s každým vzorkem. Požadovanou kategorii zadáš prostřednictvím argumentu categories pomocí konstant jako DBA_CONDITION nebo DBA_TISSUE. Kompletní seznam dostupných konstant najdeš na stránce nápovědy pro funkci dba.contrast().
Toto cvičení je součástí kurzu
ChIP-seq s Bioconductor v R
Pokyny k cvičení
- Prohlédni si objekt
ar_binding. - Najdi kategorii odpovídající podmínkám primárního nádoru (primary) a rezistence na léčbu (TURP).
- Nastav kontrast pro porovnání dvou typů nádorů.
- Prohlédni si objekt
dba_peaksa ověř, že kontrast byl přidán.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Examine the ar_binding object
print(___)
# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____
# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)
# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)