1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. ChIP-seq s Bioconductor v R
Connected

cvičení

Shlukování vzorků

Dalším způsobem, jak zkoumat podobnosti mezi vzorky, je hierarchické shlukování. Tento proces probíhá ve dvou krocích. Nejprve vypočítáš vzdálenosti mezi vzorky na základě (normalizovaného pokrytí) píků pomocí funkce dist(). Tyto párové vzdálenosti pak využiješ ke seskupení podobných vzorků pomocí hclust(). Výsledkem bude dendrogram zachycující hierarchické vztahy mezi vzorky. Matice s vhodně normalizovanými daty pokrytí je dostupná jako R objekt cover.

Pokyny

100 XP
  • Vypočítej párové vzdálenosti mezi vzorky pomocí dist().
  • Pomocí hclust() vytvoř dendrogram z matice vzdáleností.
  • Vykresli dendrogram.