Shlukování vzorků
Dalším způsobem, jak zkoumat podobnosti mezi vzorky, je hierarchické shlukování. Tento proces probíhá ve dvou krocích. Nejprve vypočítáš vzdálenosti mezi vzorky na základě (normalizovaného pokrytí) píků pomocí funkce dist(). Tyto párové vzdálenosti pak využiješ ke seskupení podobných vzorků pomocí hclust(). Výsledkem bude dendrogram zachycující hierarchické vztahy mezi vzorky.
Matice s vhodně normalizovanými daty pokrytí je dostupná jako R objekt cover.
Toto cvičení je součástí kurzu
ChIP-seq s Bioconductor v R
Pokyny k cvičení
- Vypočítej párové vzdálenosti mezi vzorky pomocí
dist(). - Pomocí
hclust()vytvoř dendrogram z matice vzdáleností. - Vykresli dendrogram.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Compute the pairwise distances between samples using `dist`
cover_dist <- ___(t(cover))
# Use `hclust()` to create a dendrogram from the distance matrix
cover_dendro <- ___(cover_dist)
# Plot the dendrogram
plot(___)