1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. ChIP-seq s Bioconductor v R
Connected

cvičení

Detailní zobrazení oblasti

Teď je řada na tobě – zobraz genomickou oblast pomocí Gviz. Všechna data v tomto cvičení pocházejí z chromozomu 20 jednoho vzorku. Ideogram chromozomu 20 už je připravený a dostupný jako ideogram. Mapované čtení bylo převedeno na data o pokrytí, která jsou k dispozici jako objekt GRanges s názvem cover_ranges. Peak calls v oblasti, kterou budeš zobrazovat, jsou uloženy v objektu peak_calls.

Načtení všech potřebných dat a R balíčků může chvíli trvat. Buď prosím trpělivý/á.

Pokyny

100 XP
  • Vytvoř anotační tracky pro peak calls.
  • Vytvoř datový track pro pokrytí čteními.
  • Zobraz graf tak, aby obsahoval shora dolů: ideogram, track pokrytí, track peak calls a osu s pozicemi v genomu.