Detailní zobrazení oblasti
Teď je řada na tobě – zobraz genomickou oblast pomocí Gviz. Všechna data v tomto cvičení pocházejí z chromozomu 20 jednoho vzorku. Ideogram chromozomu 20 už je připravený a dostupný jako ideogram. Mapované čtení bylo převedeno na data o pokrytí, která jsou k dispozici jako objekt GRanges s názvem cover_ranges. Peak calls v oblasti, kterou budeš zobrazovat, jsou uloženy v objektu peak_calls.
Načtení všech potřebných dat a R balíčků může chvíli trvat. Buď prosím trpělivý/á.
Toto cvičení je součástí kurzu
ChIP-seq s Bioconductor v R
Pokyny k cvičení
- Vytvoř anotační tracky pro peak calls.
- Vytvoř datový track pro pokrytí čteními.
- Zobraz graf tak, aby obsahoval shora dolů: ideogram, track pokrytí, track peak calls a osu s pozicemi v genomu.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")
# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)