Výpočet pokrytí
Teď je čas rozšířit čtení na průměrnou délku fragmentu, abys získal/a přesnější odhad pokrytí. Rozšíření čtení ti umožní sloučit čtení z obou konců fragmentu do jediného píku pokrytí, což pomáhá odlišit píky od šumu na pozadí.
BAM soubor pro vzorek GSM1598218, se kterým budeš v tomto cvičení pracovat, je již načtený. Průměrná délka fragmentu pro tento vzorek je 183 bp. Čtení jsou dostupná jako objekt GRanges s názvem reads_gr.
Načtení všech potřebných dat a R balíčků může chvíli trvat. Prosím, buď trpělivý/á.
Toto cvičení je součástí kurzu
ChIP-seq s Bioconductor v R
Pokyny k cvičení
- Rozšiř čtení na průměrnou délku fragmentu.
- Vypočítej pokrytí fragmentů.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Extend reads to the average fragment length of 183 bp
reads_ext <- ___(reads_gr, width=___)
# Compute coverage
cover <- ___(___)