1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. ChIP-seq s Bioconductor v R
Connected

cvičení

Výpočet pokrytí

Teď je čas rozšířit čtení na průměrnou délku fragmentu, abys získal/a přesnější odhad pokrytí. Rozšíření čtení ti umožní sloučit čtení z obou konců fragmentu do jediného píku pokrytí, což pomáhá odlišit píky od šumu na pozadí. BAM soubor pro vzorek GSM1598218, se kterým budeš v tomto cvičení pracovat, je již načtený. Průměrná délka fragmentu pro tento vzorek je 183 bp. Čtení jsou dostupná jako objekt GRanges s názvem reads_gr.

Načtení všech potřebných dat a R balíčků může chvíli trvat. Prosím, buď trpělivý/á.

Pokyny

100 XP
  • Rozšiř čtení na průměrnou délku fragmentu.
  • Vypočítej pokrytí fragmentů.