1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. ChIP-seq s Bioconductor v R
Connected

cvičení

Sloučení píků

Než se pustíš do anotace píků, může být užitečné podívat se, jak získat sloučenou sadu píků zahrnující záznamy ze všech vzorků. K tomuto účelu poskytuje balíček ChIPpeakAnno funkci findOverlapsOfPeaks(). Umožňuje slučovat sady píků reprezentované jako GenomicRanges z až pěti vzorků.

Než tuto funkci použiješ, budeš muset z objektu ChIPQCexperiment, který jsi vytvořil/a dříve, extrahovat informace o píkových záznamech. Umístění píků získáš pomocí funkce peaks(). Všimni si, že tato funkce vrátí záznamy píků pro všechny vzorky – včetně těch, které neprojdou QC kontrolou. Vektor obsahující indexy vzorků vybraných k dalšímu zpracování během QC kroku je dostupný jako qc_pass.

Pokyny

100 XP
  • Extrahuj píky z objektu ChIPQCexperiment.
  • Odstraň všechny vzorky, které neprojdou QC kontrolou.
  • Najdi překryvy mezi sadami píků pomocí funkce findOverlapsOfPeaks().
  • Prohlédni si sloučenou sadu píků dostupnou jako položka mergedPeaks.