Sloučení píků
Než se pustíš do anotace píků, může být užitečné podívat se, jak získat sloučenou sadu píků zahrnující záznamy ze všech vzorků. K tomuto účelu poskytuje balíček ChIPpeakAnno funkci findOverlapsOfPeaks(). Umožňuje slučovat sady píků reprezentované jako GenomicRanges z až pěti vzorků.
Než tuto funkci použiješ, budeš muset z objektu ChIPQCexperiment, který jsi vytvořil/a dříve, extrahovat informace o píkových záznamech. Umístění píků získáš pomocí funkce peaks(). Všimni si, že tato funkce vrátí záznamy píků pro všechny vzorky – včetně těch, které neprojdou QC kontrolou. Vektor obsahující indexy vzorků vybraných k dalšímu zpracování během QC kroku je dostupný jako qc_pass.
Toto cvičení je součástí kurzu
ChIP-seq s Bioconductor v R
Pokyny k cvičení
- Extrahuj píky z objektu ChIPQCexperiment.
- Odstraň všechny vzorky, které neprojdou QC kontrolou.
- Najdi překryvy mezi sadami píků pomocí funkce
findOverlapsOfPeaks(). - Prohlédni si sloučenou sadu píků dostupnou jako položka
mergedPeaks.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Extract peaks from ChIPQCexperiment object
peak_calls <- ___(ar_calls)
# Only keep samples that passed QC
peak_passed <- ___[qc_pass]
# Find overlaps between peak sets
peaks_combined <- ___(peak_passed[[1]], peak_passed[[2]], peak_passed[[3]], peak_passed[[4]], maxgap=50)
# Examine merged peak set
print(___)