Načítání BAM souborů

Na začátek načteš mapovaná čtení z BAM souboru do R. Tyto soubory uchovávají informace o zarovnání sekvencí čtení vůči referenčnímu genomu v komprimovaném binárním formátu. Načítání dat z BAM souborů je běžný krok při analýze genomických dat.

V tomto cvičení nejprve načteš všechna čtení z BAM souboru. Je to přímočaré, ale může to vyžadovat hodně paměti – proto se ve druhé části naučíš, jak načíst pouze čtení z oblasti, která tě zajímá.

Toto cvičení je součástí kurzu

ChIP-seq s Bioconductor v R

Zobrazit kurz

Pokyny k cvičení

Načti čtení ze souboru chr20_bam pomocí funkce readGAlignments().
Vytvoř objekt BamViews pro soubor chr20_bam, který pokrývá oblast 29805000–29820000 na chromozomu 20.
Znovu použij readGAlignments() a načti pouze čtení z tohoto pohledu.
Prozkoumej objekt reads_sub pomocí funkce str().

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi

Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.

# Load reads form chr20_bam file
reads <- ___(chr20_bam)

# Create a `BamViews` object for the range 29805000 - 29820000 on chromosome 20
bam_views <- ___(___, bamRanges=GRanges("chr20", IRanges(start=29805000, end=29820000)))

# Load only the reads in that view
reads_sub <- ___(___)

# Inspect the `reads_sub` object
___(reads_sub)

Upravit a spustit kód