1. Learn
    2. /
  2. Курси
    3. /
  3. ChIP-seq s Bioconductor v R
Connected

вправа

Načítání BAM souborů

Na začátek načteš mapovaná čtení z BAM souboru do R. Tyto soubory uchovávají informace o zarovnání sekvencí čtení vůči referenčnímu genomu v komprimovaném binárním formátu. Načítání dat z BAM souborů je běžný krok při analýze genomických dat.

V tomto cvičení nejprve načteš všechna čtení z BAM souboru. Je to přímočaré, ale může to vyžadovat hodně paměti – proto se ve druhé části naučíš, jak načíst pouze čtení z oblasti, která tě zajímá.

Інструкції

100 XP
  • Načti čtení ze souboru chr20_bam pomocí funkce readGAlignments().
  • Vytvoř objekt BamViews pro soubor chr20_bam, který pokrývá oblast 29805000–29820000 na chromozomu 20.
  • Znovu použij readGAlignments() a načti pouze čtení z tohoto pohledu.
  • Prozkoumej objekt reads_sub pomocí funkce str().