1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. ChIP-seq s Bioconductor v R
Connected

cvičení

PCA a heatmapa – nový pohled

Teď, když jsi identifikoval/a hlavní rozdíly mezi vzorky, můžeš vytvořit další sadu grafů pro jejich porovnání. Jsou velmi podobné těm, které jsi viděl/a dříve, ale tentokrát pracuješ pouze s diferenciálně vázanými peaky. To snižuje množství šumu v grafu a pomáhá lépe vyzdvihnout rozdíly. Funkce pro vizualizaci v balíčku DiffBind mají argument contrast, který ti umožňuje určit, které porovnání se má použít k výběru peaků pro vykreslení. V tomto cvičení porovnáš původní grafy s jejich vyčištěnými verzemi.

Pokyny 1/4

undefined XP
    1
    2
    3
    4
  • Vytvoř PCA graf s použitím všech peaků.