Shrnutí rozdílů ve vazbě proteinů
Posledním typem grafu pro vizualizaci diferenciálně vázaných peaků, na který se v této lekci podíváme, je krabicový graf (box plot). Tento typ grafu se hodí ke shrnutí rozložení intenzit peaků v jednotlivých vzorcích. DiffBind k tomu nabízí funkci dba.plotBox(). Krabicové grafy zvýrazňují polohu mediánu v různých skupinách i rozptyl dat kolem něj. Graf generovaný DiffBind porovnává dvě skupiny (primární nádor a nádor rezistentní na léčbu) i podskupiny tvořené diferenciálně vázanými peaky. Kromě samotného grafu vrací dba.plotBox() také p-hodnoty pro párová srovnání mezi těmito skupinami.
Výsledky analýzy diferenciální vazby jsou stejně jako dříve dostupné jako ar_diff.
Toto cvičení je součástí kurzu
ChIP-seq s Bioconductor v R
Pokyny k cvičení
- Vytvoř krabicový graf intenzit peaků.
- Prohlédni si vrácené p-hodnoty. Které sady peaků se od sebe statisticky významně liší?
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)