Načítání BED souborů
V tomto cvičení načteš peak calls z BED souboru a využiješ informace o umístění peaků k extrakci readů, které se s nimi překrývají, z BAM souboru.
Toto cvičení je součástí kurzu
ChIP-seq s Bioconductor v R
Pokyny k cvičení
- Pomocí funkce
import.bednačti peak calls ze souboru chr20_peaks. - Na základě těchto peak calls vytvoř objekt
BamViewspro soubor chr20_bam. - Načti ready překrývající se s peak calls.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Load peak calls from chr20_peaks
peaks <- ___(chr20_peaks)
# Create a BamViews object
bam_views <- ___(___, bamRanges=peaks)
# Load the reads
reads <- ___(___)