1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. ChIP-seq s Bioconductor v R
Connected

cvičení

Vizualizace rozdílů ve vazbě proteinů

PCA plot i dendrogram naznačují, že vzorky z primárních nádorů a nádorů rezistentních na léčbu tvoří vždy jeden shluk. To je povzbudivé, ale stále ti to mnoho neřekne o tom, jak tyto rozdíly vypadají. V tomto cvičení vytvoříš heatmapu, která porovná intenzitu peaků napříč vzorky. To může pomoci odhalit vzorce ve vazbě proteinů, které odlišují jednotlivé skupiny vzorků.

Sada peaků sloučených napříč vzorky je dostupná jako peaks. Abys z ní mohl/a vytvořit heatmapu, budeš potřebovat vědět, kolik peaků se v datasetu nachází. Podrobnosti o sloučené sadě peaků jsou dostupné v položce merged objektu peaks.

Pokyny

100 XP
  • Vypiš objekt peaks.
  • Získej souřadnice sloučených peaků.
  • Zjisti počet peaků přítomných v datech.
  • Vytvoř heatmapu pomocí funkce dba.plotHeatmap.