Vizualizace rozdílů ve vazbě proteinů
PCA plot i dendrogram naznačují, že vzorky z primárních nádorů a nádorů rezistentních na léčbu tvoří vždy jeden shluk. To je povzbudivé, ale stále ti to mnoho neřekne o tom, jak tyto rozdíly vypadají. V tomto cvičení vytvoříš heatmapu, která porovná intenzitu peaků napříč vzorky. To může pomoci odhalit vzorce ve vazbě proteinů, které odlišují jednotlivé skupiny vzorků.
Sada peaků sloučených napříč vzorky je dostupná jako peaks. Abys z ní mohl/a vytvořit heatmapu, budeš potřebovat vědět,
kolik peaků se v datasetu nachází. Podrobnosti o sloučené sadě peaků jsou dostupné v položce merged objektu peaks.
Toto cvičení je součástí kurzu
ChIP-seq s Bioconductor v R
Pokyny k cvičení
- Vypiš objekt
peaks. - Získej souřadnice sloučených peaků.
- Zjisti počet peaků přítomných v datech.
- Vytvoř heatmapu pomocí funkce
dba.plotHeatmap.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Print the `peaks` object
print(___)
# Obtain the coordinates of the merged peaks
merged_peaks <- peaks$___
# Extract the number of peaks present in the data
peak_count <- nrow(___)
# Create a heatmap using the `dba.plotHeatmap()` function
___(peaks, maxSites = ___, correlations = FALSE)