Úvod do experimentů ChIP-seq. Proč jsou zajímavé? Jaké jevy lze pomocí ChIP-seq studovat a co se z těchto experimentů můžeme dozvědět.

Co je ChIP-seq?

Rekapitulace ChIP-seq

Data ze sekvenování

Peak calls

Postup analýzy ChIP-seq

Heat mapa

Geny, které hrají roli

Shrnutí výsledků ChIP-seq

Porozumění datům ChIP-seq

Úvod do ChIP-seq

Analýza ChIP-seq začíná naplno. Tato kapitola představuje nástroje Bioconductor pro import a čištění dat.

Import dat

Načítání BAM souborů

Načítání BED souborů

Bližší pohled na peaky

Detailní zobrazení oblasti

Přidání anotací

Čištění ChIP-seq dat

Odstranění blacklistovaných oblastí

Filtrování čtení

Porovnání filtrovaných dat se surovými čteními

Hodnocení obohacení

Výpočet pokrytí

Peaky vs. pozadí

Zpět k základům – příprava dat ChIP-seq

Tato kapitola představuje techniky pro identifikaci a vizualizaci rozdílů mezi vzorky ChIP-seq.

Úvod do diferenciální vazby

Vypadají tyto vzorky stejně?

Shlukování vzorků

Vizualizace rozdílů ve vazbě proteinů

Testování diferenciální vazby

Načítání počtů čtení

Nastavení modelu

Sestavení modelu

PCA a heatmapa – nový pohled

Bližší pohled na diferenciální vazbu

MA plot

Vulkanický graf

Shrnutí rozdílů ve vazbě proteinů

Porovnávání vzorků ChIP-seq

Umět identifikovat diferenciální vazbu mezi skupinami vzorků je skvělé – ale co to vlastně znamená? Tato kapitola probírá strategie pro interpretaci výsledků diferenciální vazby, abychom se dostali od identifikace peaků až k biologicky smysluplným závěrům.

Interpretace ChIP-seq píků

Sloučení píků

Práce s anotacemi

Anotace peaků

Které píky se liší?

Interpretace seznamů genů

Přiřazení píků k genům

Hledání společných témat

Pochopení dopadu na signální dráhy

Bližší pohled na dráhy

Pokročilé analýzy ChIP-seq

Od peaků ke genům a jejich funkci

Chromosome 20 dataset

Androgen Receptor ChIP-seq Peaks dataset

Analýza ChIP-seq je důležitou oblastí bioinformatiky. Otvírá okno do mechanismů, které řídí chod buněk v našem těle. Ať už je to mozková buňka, která ti teď pomáhá číst tuto stránku, nebo imunitní buňka hlídkující v těle před mikroorganismy, jež by tě mohly roznemocnit – všechny nesou stejný genom. To, co je odlišuje, jsou geny aktivní v daném okamžiku. Které to jsou, určuje složitý systém proteinů, které mohou geny zapínat a vypínat. Když tato regulační mašinérie vyjde z kontroly, může vést k rakovině a dalším závažným onemocněním. Analýza ChIP-seq nám umožňuje porozumět funkci regulačních proteinů, jejich roli při vzniku nemocí a nabízí vhled do možných způsobů, jak zabránit tomu, aby buňky vymkly kontrole. V tomto kurzu prozkoumáš reálnou datovou sadu a naučíš se zpracovávat a analyzovat data ChIP-seq v R.

Intermediate R

Introduction to Bioconductor in R

Naučte se analyzovat a interpretovat ChIP-seq data s Bioconductorem na lidském rakovinném datasetu.

ChIP-seq s Bioconductor v R

Analýza genomických dat v R

MA plot

ChIP-seq s Bioconductor v R

Pokyny k cvičení

Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi