1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. ChIP-seq s Bioconductor v R
Connected

cvičení

MA plot

MA plot zobrazuje rozdíly mezi dvěma skupinami v závislosti na průměrné intenzitě signálu. Pomáhá odhalit potenciální zkreslení v datech. Většina intenzit píků by se mezi podmínkami neměla měnit – body v grafu by proto měly být soustředěny kolem vodorovné čáry na hodnotě 0, která odpovídá nulovému rozdílu. MA plot také poskytuje rychlý vizuální přehled o tom, jak velké rozdíly mezi skupinami jsou.

Stejně jako dříve použité vykreslovací funkce nabízí i DiffBind funkci dba.plotMA(), která vytvoří MA plot přímo z objektu DBA a sama si z něj vyextrahuje všechny potřebné informace.

Pokyny

100 XP
  • Pomocí funkce dba.plotMA() vytvoř MA plot.
  • Prohlédni si graf a všimni si, jak jsou zvýrazněny významné rozdíly.