Hledání společných témat

Balíček chipenrich nabízí funkci chipenrich(), která identifikuje skupiny genů, jež jsou s ChIP-seq peaky spojeny častěji, než by se dalo očekávat náhodou. Klíčové je přitom rozhodnout, jak geny do skupin sdružit. V tomto cvičení se podíváš na Hallmark genové sady definované na Broad Institute.

Zpravidla bys analýzu omezil/a na diferenciálně vázané peaky, aby lépe vynikly molekulární procesy odlišující obě skupiny vzorků. Kvůli malé velikosti datové sady tu ale jednoduše zahrneš peaky se silnějším signálem ve vzorcích nádorů rezistentních na léčbu.

Vyber všechny peaky s vyšší intenzitou ve vzorcích rezistentních nádorů než ve vzorcích primárních nádorů.
Spusť analýzu obohacení.
Vypiš výsledky analýzy.

.css-6su6fj{-webkit-flex-shrink:0;-ms-flex-negative:0;flex-shrink:0;}cvičení

Pokyny

cvičení