1. Učit se
    2. /
  2. Kurzy
    3. /
  3. ChIP-seq s Bioconductor v R
Connected

cvičení

Pochopení dopadu na signální dráhy

Signální dráhy jsou dalším užitečným způsobem, jak geny seskupovat. V tomto cvičení se podíváš na výsledky analýzy obohacení signálních drah zaměřené na píky, které jsou výraznější ve vzorcích primárního nádoru. Objekt enrich_primary obsahuje tyto výsledky. Jde o seznam se čtyřmi položkami. V tuto chvíli tě nejvíce zajímá results – datový rámec s výsledky obohacení seřazenými podle statistické významnosti. Obsahuje ID a název genových sad a geny spojené s píky, které do dané sady patří. Geny jsou zde uváděny jako Entrez ID. K převodu mezi Entrez ID a genovými symboly můžeš využít databázi z balíčku org.Hs.eg.db. Funkce select() nabízí pohodlné rozhraní pro výběr záznamů ze sloupce SYMBOL pomocí klíčového typu ENTREZID.

Pokyny

100 XP
  • Prozkoumej nejlepší genové sady.
  • Extrahuj ID genů pro sadu s nejvyšším pořadím.
  • Rozděl ID genů do vektoru.
  • Převeď ID genů na genové symboly.