Pochopení dopadu na signální dráhy
Signální dráhy jsou dalším užitečným způsobem, jak geny seskupovat. V tomto cvičení se podíváš na výsledky analýzy obohacení signálních drah zaměřené na píky, které jsou výraznější ve vzorcích primárního nádoru. Objekt enrich_primary obsahuje tyto výsledky. Jde o seznam se čtyřmi položkami. V tuto chvíli tě nejvíce zajímá results – datový rámec s výsledky obohacení seřazenými podle statistické významnosti. Obsahuje ID a název genových sad a geny spojené s píky, které do dané sady patří. Geny jsou zde uváděny jako Entrez ID. K převodu mezi Entrez ID a genovými symboly můžeš využít databázi z balíčku org.Hs.eg.db. Funkce select() nabízí pohodlné rozhraní pro výběr záznamů ze sloupce SYMBOL pomocí klíčového typu ENTREZID.
Toto cvičení je součástí kurzu
ChIP-seq s Bioconductor v R
Pokyny k cvičení
- Prozkoumej nejlepší genové sady.
- Extrahuj ID genů pro sadu s nejvyšším pořadím.
- Rozděl ID genů do vektoru.
- Převeď ID genů na genové symboly.
Interaktivní cvičení na vyzkoušení si v praxi
Vyzkoušejte si toto cvičení dokončením tohoto ukázkového kódu.
# Examine the top gene sets
head(___$results)
# Extract the gene IDs for the top ranking set
genes <- ___$___$Geneset.Peak.Genes[1]
# Split gene IDs into a vector
gene_ids <- strsplit(___, ', ')[[1]]
# Convert gene IDs to gene symbols
gene_symbol <- select(org.Hs.eg.db, keys=___, columns="___", keytype="___")
# Print the result
___(gene_symbol)